Fernand Daoust a été à la direction de la Fédération des travailleurs et travailleuses du Québec (FTQ) pendant vingt-quatre ans, d’abord comme secrétaire général, de 1969 à 1991, puis comme président, jusqu’en 1993. C’est pendant ces années que, de fédération syndicale provinciale au mandat plutôt limité, la FTQ est devenue une grande centrale, dont l’influence a été déterminante dans la construction du Québec moderne. Dans cette deuxième partie de sa biographie, il s’affirme comme l’un des chefs de file du courant nationaliste et progressiste à la FTQ.
Fernand Daoust projette une image singulière parmi les syndicalistes québécois. Grand, distingué, d’une élocution nette et d’un vocabulaire châtié, son maintien digne lui confère une allure un peu aristocratique. Pourtant, il n’est issu ni d’un milieu aisé ni d’une famille d’intellectuels. Élevé par une mère monoparentale, il a trimé dur pour payer ses études.
Dans cette deuxième partie de sa biographie, il s’affirme comme l’un des chefs de file du courant nationaliste et progressiste à la FTQ. À deux reprises, il tente de façon infructueuse d’accéder à la direction de la centrale. C’est lors d’un congrès, où l’un des principaux enjeux est l’adoption d’une politique linguistique, qu’il devient secrétaire général de la FTQ.
Pendant plus de vingt ans, il forme avec Louis Laberge, un tandem étonnant, mais solide. C’est sous leur direction que la FTQ acquiert une représentativité unique et une cohésion qui en font un acteur social majeur au Québec. Si Louis Laberge a été la figure publique emblématique de la centrale, Fernand Daoust a réalisé dans l’ombre un patient et efficace travail de bâtisseur. On lui doit l’organisation de services diversifiés très prisés des syndicats affiliés. Tout au long de son mandat, il a été le champion de la reconnaissance du français comme langue de travail et un artisan d’une FTQ progressiste et nationaliste.